２００６年５月２０日，在公布第六批全国重点文物保护单位的同时，国务院还公布了第一批国家级非物质文化遗产名录共计５１８项。

在很多情况下作为物质遗产的文物保护单位与非物质文化遗产的保护是一个整体，是不可分割的事物的两个方面。第二批全国重点文物保护单位成吉思汗陵非常典型地反映了这样一种关系。

成吉思汗陵是供奉由达尔扈特人保存的成吉思汗遗物的建筑，１９５４年建造。五十几年来，这里已经成为祭祀成吉思汗和蒙古族先人的最为重要的场所。由于这一地点在抗日战争之前已经长期作为祭祀成吉思汗的场所，因此其正统性得到了整个蒙古民族的认同。根据蒙古族的传统，达尔扈特人负有保存、携带、祭祀成吉思汗遗物的责任，同时也负有组织进行各种相关祭祀活动的责任，这种传统在成吉思汗去世之后开始形成，已经延续了近８００年的时间，从未中断。今天这一非物质文化遗产已与成吉思汗陵区的建筑遗产结合成了不可分割的整体。对陵区的保护也意味着对这种传统、对这一非物质文化遗产的保护。成吉思汗陵的祭祀活动也被列入了第一批国家级非物质文化遗产名录，这也为把这两个遗产作为一个整体进行保护创造了条件。

日本的伊势神宫是一个非常典型的案例。伊势神宫的建筑每二十年要进行一次重建，而且是一次不使用任何旧料的重建，但重要的是整个重建的构成，包括木材砍伐、加工、建造，到拆除原有的建筑的完整仪式都是日本文化独特的反映，在这种情况下伊势神宫的建筑作为一种物质存在已经成为作为非物质文化遗产的建造仪式的载体，两者相互依存，不可分割。

第六批全国重点文物保护单位名单中列入了大量的村落古建筑群，在对这些村落中的古代建筑进行保护的同时，同样应当注意村落中的传统节庆、习俗、表演艺术、手工艺技术的保护和传承。这样一方面能够最大限度地保护村落古建筑群的社会价值，一方面也能够使得这些非物质文化遗产能够真正植根于产生它的土壤，而不至于转变成为一种脱离真实生活的表演艺术。

在第一批国家级非物质文化遗产名录中还列入了一些与建造活动有关的传统技术，例如：香山帮传统建筑营造技艺、客家土楼营造技艺、侗族木构建筑营造技艺、苗寨吊脚楼营造技艺、苏州御窑金砖制作技艺等。这些非物质文化遗产的保护显然都是与物质文化遗产保护结合在一起的。在文物建筑维修中，强调传统技术的使用，这本身也是对非物质文化遗产的保护。世界遗产保护中强调对真实性的保护，其中包括了传统技艺和传统材料的使用，传统技艺和传统材料的制作本身又都属于非物质文化遗产的范畴。

事实上非物质文化遗产的保护除了档案记录之外，最重要的保护方式就是实践，非物质文化遗产只有通过实践才能有效地传承，文物保护单位的修缮、保护工作为传统技艺提供了实践的可能性，而保护工作对传统技艺工艺程序的严格要求，又促进了对传统工艺的研究、发掘和传承。

文化遗产保护是一个具有综合性的系统工程，它作为一个整体包含了物质和非物质文化遗产的保护，在很多情况下这两者是无法分割的一个整体。这就要求在文物保护单位的保护工作中，无论是编制保护规划、制定维修方案，还是实施保护工程都不应当仅仅局限于保护物质性文化遗产，例如建筑本体，而应当从更综合的角度来考虑总体的保护问题。这也是第六批全国重点文物保护单位和第一批国家级非物质文化遗产名录公布之后对中国文物保护工作新的要求和挑战。